Броени минути след като приключи жребия за определяне съперниците в Шампионската лига, започна и този в турнира за купата на УЕФА. ДО този етап на борбата достигнаха първите три отбора от груповата фаза плюс тези, които се класираха на третите места в групите на най-комерсиалния турнир.

Като победители в своите групи са отборите на: Евертън, Атлетико Мадрид, Виляреал, Хетафе, Хамбургер, Леверкузен, Байерн и Бордо. Заелите втората позиция са : Нюрнберг, Панатинайкос Фиорентина, Базел, Спартак Москва, Брага, Тотнъм и Хелзинборг. Тези, които достигнаха до шестнадесетфиналите благодарение третите си места са - Зенит, Абърдийн, АЕК, Бран, Цюрих, Болтън, Андерлехт и Галатасарай. От Шампионската лига идват следните осем тима - Олимпик Марсилия, Розенборг, Вердер, Бенфика, Глазгоу, Спортинг Лисабон, ПСВ и чешкия Славия Прага.

Ето и двойките, които бяха определени :

1. Абърдийн - Байерн Мюнхен

2. АЕК Атина - Хетафе

3. Болтън - Атлетико Мадрид

4. Зенит - Виляреал

5. Галатасарай - Байер Леверкузен

6. Андерлехт - Бордо

7. Бран - Евертън

8. Цюрих - Хамбургер

9. Рейнджърс - Панатинаикос

10. ПСВ Айндховен - Хелзингборг

11. Славия Прага - Тотнъм

12. Розенборг - Фиорентина

13. Спортинг - Базел

14. Вердер Бремен - Брага

15. Бенфика - Нюрнберг

16. Олимпик М - Спаратк М

Домакини в първите мачове са отборите, които са заели третите позиции в своите групи, както и тези дошли от Шампионската лига.